2199년, 가밀리스와 평화 협정을 맺은 야마토는 코스모리버스 시스템을 받아 지구로 귀환하고 있다. 하지만 지구로 돌아가던 그들 앞에 갑자기 의문의 함대가 나타나는데...!
성스러운 문 「디바인 게이트」는 열렸다. 서력(西曆)은 성력(聖曆)으로, 하나의 문은 시대를 바꿨다. 혼란이 찾아온 이 세계에 인간, 요정, 악마, 짐승, 기계, 드래곤, 다수의 종족에 의한 다수의 생각이 교차한다. 모두가 성스러운 문에 숨겨진 진실을 쫓아서. 자, 열려진 문의 저편으로.
츠카모토 텐마는 평범한 고등학교 2학년 여학생이다. 그러던 어느 날, 자신이 좋아하던 카라스마 오오지가 1년 후 전학 간다는 소식을 듣게 된다. 이에 자극 받은 그녀는 이번에 말로 자신의 마음을 고백하기로 한다. 하지만 덤범쟁이에 바보인 그녀의 고백은 동생 츠카모토 야쿠모와 친구들의 응원에도 불구하고 트러블 투성이. 한편 이런 텐마를 좋아하는 사람이 있었으니, 그는 바로 불량 학생으로 소문난 하리마 켄지. 그러나 싸움은 잘하나 연애는 빵점인 그도 텐마에게 고백하지 못한 채 애만 태우고 있다. 이러던 와중 켄지는 텐마와 카라스마가 둘이서 점심을 먹는 현장을 목격하고, 그는 이를 계기로 등교를 거부한 채 방랑길에 오르는데....
애정이 느껴지지않는다는 이유로 또 다시 여자친구에게 차인 코시로는 심각한 내적 갈등에 휘말리고 있었다. 그러던 도중 우연히 떨어진 정기권을 주워준 계기로 만난 여고생에게 위로 받게 된다. 이후 친해져서 유원지로 놀러가는 등 즐거운 시간이 보내지만 사실 그녀는 자신의 부모님이 어릴 적 이혼해서 생이별 했던 12살 연하의 친여동생 나노카였다는 사실을 알게 되는데.............
주인공 미하시 렌은 중학교, 미호시 학원에서 무시와 이사장 손자라 편애를 받는다는 편견을 받으면서 주눅이 들었고 다시는 야구부에 들어가지 않겠다고 다짐하지만 얼떨결에 니시우라 야구부에 가입하게 된다. 그 곳에서 새로운 동료들을 만나 조금씩 변화하기 시작하고, 니시우라 고교는 여름 대회에 출전하는데….
